Leeswaarschuwing: Onderstaande tekst bevat details van de plot en/of de afloop van het verhaal.
Het verhaal begint met een wetenschapper die uit een boek voorleest. Terwijl een Palkia en een Dialga vechten in een ruimte met allemaal Unown eromheen, ziet de wetenschapper allemaal onenigheden op zijn meter. Palkia raakt gewond door een aanval van Dialga.
Ash, Brock en Dawn komen aan bij Alamos Town en gaan met een luchtballon van ene Alice over de rivier naar de stad. Alice vertelt dat ze bladfluit speelt en laat wat horen. Ze zien de ruimte-tijd torens in de stad. Ze zijn gemaakt door de architect Godey; de linker toren is de ruimte-toren en de rechter toren is de tijd-toren. De wetenschapper ziet opnieuw allerlei onenigheden op zijn meter en plotseling begint alles te schudden. Na het schudden, besluit Alice een rondleiding te geven door de stad. Ze komen aan in de tuin van Godey. Wanneer de Pokémon ruzie beginnen te maken, fluit Alice op haar blad en alle dieren kalmeren. Ash, Brock, Dawn en Alice zien ineens dat de tuinpilaren zijn vernield. Baron Alberto verschijnt en zegt dat het Darkrai is geweest. Hij denkt hem te zien en valt aan met zijn Lickilicky. Het is echter niet Darkrai, maar Tonio de wetenschapper. Alberto zegt dat hij met Alice wil trouwen, maar Alice wil dat niet, omdat ze verliefd is op Tonio. Tonio voelt hetzelfde terug. Ondertussen vechten Dialga en Palkia nog steeds en na een grote explosie van twee botsende aanvallen, komen er rare krachten op aarde vrij. Darkrai verschijnt in de tuin. Alberto laat Lickilicky aanvallen, maar Darkrai ontwijkt hem en valt terug aan, maar raakt Ash. Ash valt in slaap en krijgt een nachtmerrie. Hij wordt wakker in een Pokémoncenter.
Tonio zit in zijn laboratorium en ziet een foto van Alicia, de oma van Alice, in het dagboek van Godey, zijn opa. Hij leest dat Alicia een gewonde Darkrai zag in de tuin van Godey lang geleden en dat zijn toen op haar bladfluit speelde voor hem. Vanaf toen kwam Darkrai in de tuin wonen. Ondertussen geeft Alice een rondleiding door de ruimte-tijd torens. Ze gaan met zijn allen naar het laboratorium van Tonio wat onder de torens staat. Ze zien de foto van Alicia en achterop staat bladmuziek. Dawn ziet allemaal muziekschijven liggen voor in de klokkentoren en ze gaan met zijn allen naar boven om zo een muziekschijf te beluisteren.
Als Ash, Dawn, Brock, Alice en Tonio eenmaal weer buiten zijn, meet Tonio energieverstoringen uit een ander universum, tussen twee dimensies in. Er verschijnt een groot licht aan de hemel en Darkrai verschijnt. Alberto valt weer Darkrai aan en Darkrai valt terug aan en laat heel veel omstanders met zijn aanvallen in slaap vallen. Ash en Pikachu rennen weg, maar zien plotseling Pokémon door muren lopen. Alberto verschijnt ook en valt Darkrai weer aan, die vervolgens Lickilicky laat slapen. Ineens verandert Alberto in een Lickilicky. Iedereen ziet nu Pokémon door muren lopen. Volgens Tonio smelten de echte wereld en de droomwereld samen, waardoor onze dromen werkelijkheid worden. Weer komt er onregelmatigeheid in de ruimte-tijd zone. Ook verschijnt er een mist om de stad; ze kunnen er niet meer uit. De mensen geven Darkrai de schuld, maar Alice en Tonio twijfelen. Tonio zegt dat Darkrai Alice vroeger heeft gered toen ze van een rots viel. Alice wist dit nooit, omdat ze dacht dat Tonio haar had gered. Terwijl de mensen nog steeds tegen Darkrai vechten en hij ze om beurten in slaap laat vallen, ontdekt Tonio met behulp van een satelliet dat alles fout ging en dat de droom-pokémon verschenen nadat het licht aan de hemel kwam. Toen kwam Palkia binnen.
